Вступив на престол в 1503 году, папа Юлий II не пожелал жить в резиденции своего предшественника Александра VI. На втором этаже дворца он решил сделать свои рабочие комнаты, для росписи которых были собраны лучшие художники из всех городов Италии, в том числе Лоренцо Лотто, Балдассаре Перуцци и Перуджино. Однако впоследствии папа отверг этих мастеров, и полностью доверил роспись 25-летнему Рафаэлю, который прибыл в середине 1508 года из Флоренции. Станцы Рафаэля - это расположенные друг за другом три зала небольших размеров, примерно 8 на 10 метров.
Свою работу Рафаэль начал со Станцы делла Сеньятура. Роспись этой комнаты так понравилась папе, что он приказал тотчас сбить две фрески, сделанные там уже другими художниками, и продолжать роспись только Рафаэлю.
Рафаэль занимался росписями станц с 1508 по 1517 год - сначала сам, потом, загруженный заказами, он вынужден был все чаще прибегать к помощи учеников. Содержание фресок было определено самим папой Юлием II и подробно разработано учеными-гуманистами, группировавшимися вокруг папского двора. Росписи должны были служить прославлению церкви и самого заказчика - папы. В библейские эпизоды, в сюжеты античной мифологии Рафаэль ввел портреты знаменитых людей прошлого и своих современников. Такое разнообразие образов и сюжетов надо было как-то объединить в одно целое. Особенно несовместимыми казались образы христианской религии и соседствующие рядом из языческой мифологии. Однако Рафаэль блестяще справился с этой задачей. Содержание фресок вышло далеко за пределы прославления церкви, светское начало во многом вытеснило религиозное.
В Станце делла Сеньятура хранилась папская печать. Росписи этой комнаты должны были продемонстрировать единство различных областей духовной деятельности человека: богословия, философии, поэзии и юриспруденции. Эти четыре темы отразились на стенах Станцы в виде отдельных сюжетных композиций - "Диспут", "Афинская школа", "Парнас" и "Юстиция". В «Афинской школе» Рафаэль отразил триумф философии. На ней изображены древние философы Платон и Аристотель, вокруг которых собрались крупнейшие мыслители всех времен. На другой фреске, «Парнас», изображен мир искусства поэзии с его лучшими представителями - Данте, Вергилием, Гомером и другими великими поэтами.
Стремительно возраставший спрос на произведения Рафаэля заставили его прибегнуть к помощи учеников. Станца дель Инчендио ("Пожар"; изображающая папу Льва IV, сумевшего погасить пожар в квартале Борго) была расписана лишь под общим руководством великого живописца по его эскизам. В 1519 году Рафаэль закончил постройку лоджий, начатую Браманте. Вся поверхность стен была покрыта изображениями человеческих фигур, фантастических животных, фруктов, гирлянд цветов, птиц. На сводах написаны композиции на библейские сюжеты. Эти росписи были выполнены по эскизам Рафаэля его учениками.
